การพัฒนาเทคโนโลยี Next generation sequencing (NGS) เพื่อสนับสนุนการขึ้นทะเบียนโพรไบโอติกและผลิตภัณฑ์จากโพรไบโอติก = Development of next generation sequencing for registration of probiotic and probiotic derived products / Supatjaree Ruengsomwong [et al.] (CONFIDENTIAL)
โดย: Supatjaree Ruengsomwong
ผู้แต่งร่วม: Supatjaree Ruengsomwong | Sasiwimon Ponyiam | Nantana Bamrungchue | สุภัจรี เรืองสมวงศ์ | ศศิวิมล พลเยี่ยม | นันทนา บำรุงเชื้อ
ข้อมูลการพิมพ์: Pathumthani : Thailand Institute of Scientific and Technological Research, 2024 รายละเอียดตัวเล่ม: 154 p. : ill., tables ; 30 cm.ชื่อเรื่องอื่นๆ: โครงการวิจัยที่ ภ.65-24 การพัฒนาเทคโนโลยีเพื่อส่งเสริมการใช้ประโยชน์ของโพรไบโอติกเป็นวัตถุดิบในอุตสาหกรรมผลิตภัณฑ์ฟังก์ชั่น
หัวเรื่อง: Next generation sequencing (NGS) | โพรไบโอติก | probioticสาระสังเขป: In order to apply the next generation sequencing for safety assessment of probiotic used in human according to the statements on the requirements for whole genome sequence analysis of microorganisms intentionally used in the food chain by European Food Safety Authority (EFSA) 2021, 6 potential probiotic candidates used in many dietary supplement products were selected as the samples in this study. Whole genome analysis of L. acidophilus TISTR 2734, L. rhamnosus TISTR 2716, L. paracasei TISTR 2688, L. reuteri TISTR 2736, B. longum TISTR 2893, and L. paracasei TISTR 2593 were carried out with 3 different sequencing platforms, namely Illumina MiSeq, PacBio SMRT and Oxford-Nanopore technologies (ONT). Two techniques, de novo assembly (reads from PacBio SMRT) and hybrid de novo assembly (reads of Illumina MiSeq and ONT) were used for genome assembly. Safety of selected probiotic was assessed by phenotypic assays as mentioned in Thai FDA notifications and searching for presence of genes of potential concern in the assembled genomes. These genes included antibiotic resistance genes, toxin or undesirable substances-producing genes, virulence genes, antimicrobial production genes. In addition, factors affecting accuracy and completeness of whole genome sequences were determined such as Genomic DDNA extraction method, sequencing platforms, genome assembly techniques, software and databases used for genome annotation. It was found that genome features of each selected probiotic obtained from de novo assembly and hybrid de novo assembly were comparable. The results of safety assessment based on whole genome sequences were almost similar to those from phenotypic assays. Nevertheless, confirmation with phenotypes assay and animal studies were required if the whole genome sequence -based results were ambiguous. This indicated that the results of safety assessment based on whole genome sequences data could be used as the supporting documents for registration of probiotic and probiotic products. สาระสังเขป: เพื่อเป็นการพัฒนาเทคโนโลยี next generation sequencing สำหรับใช้เป็นแนวทางในการประเมินความปลอดภัยของเชื้อโพรไบโอติกต่อมนุษย์ตามคำแถลงของ European Food Safety Autho-rity (EFSA) 2021 เรื่อง the requirements for whole genome sequence analysis of micro-organisms intentionally used in the food chain เชื้อโพรไบโอติกที่มีศักยภาพและถูกนำไปพัฒนาเป็นผลิตภัณฑ์สุขภาพ จำนวน 6 สายพันธุ์ ถูกนำมาใช้เป็นตัวอย่างในการศึกษาครั้งนี้ การศึกษารหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ L. acidophilus TISTR 2734, L. rhamnosus TISTR 2716, L. paracasei TISTR 2688, L. reuteri TISTR 2736, B. longum TISTR 2893 และ L. paracasei TISTR 2593 ทำโดยใช้ 3 sequencing platforms ได้แก่ Illumina MiSeq, PacBio SMRT และ Oxford-Nanopore technologies (ONT) ข้อมูลที่ได้ถูกมาประกอบเป็นจีโนมด้วย 2 เทคนิค คือ de novo assembly (ข้อมูลจาก PacBio SMRT) และ hybrid de novo assembly (ข้อมูลจาก Illumina MiSeq และ ONT) การประเมินความปลอดภัยของเชื้อทำโดยการศึกษาทางฟีโนไทป์ตามประกาศของสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา และการค้นหายีนดื้อต่อยาปฏิชีวนะ, ยีนสร้างสารพิษและสารไม่พึงประสงค์, ยีนก่อโรค, ยีนสร้างสารต้านเชื้อจากข้อมูลจีโนมที่ประกอบขึ้น นอกจากนี้มีได้ศึกษาปัจจัยที่มีผลต่อความถูกต้องและความสมบูรณ์ของข้อมูล
จีโนม เช่น วิธีการสกัด genomic DNA, sequencing platforms ที่ใช้เทคนิคในการประกอบจีโนม, ซอฟแวร์และฐานข้อมูลที่ใช้ในการระบุตำแหน่งและทำนายหน้าที่ของยีน เป็นต้น พบว่า คุณสมบัติของจีโนมที่ได้จาก de novo assembly และ hybrid de novo assembly มีความใกล้เคียงกัน ผลการประเมินความปลอดภัยด้วยข้อมูลจีโนมส่วนใหญ่มีความสอดคล้องกับผลการศึกษาทางฟีโนไทป์ ในกรณีที่ผลการประเมินจากข้อมูลจีโนมมีความคลุมเครือต้องยืนยันผลด้วยการทดสอบทาง
ฟีโนไทป์หรือในสัตว์ทดลอง จึงเห็นได้ว่า ผลการประเมินความปลอดภัยด้วยข้อมูลจีโนมสามารถใช้เป็นเอกสารสนับสนุนในการขึ้นทะเบียนโพรไบโอติก และผลิตภัณฑ์จากโพรไบโอติกได้
ไม่มีรายการทางกายภาพสำหรับระเบียนนี้
There are no comments on this title.